清楚了解这两种分离技术之间的区别非常重要，以便您可以为所需的分离选择佳技术。本文重点介绍了这两种技术之间的主要区别。
流动相
HPLC中使用的流动相是液体，而在气相色谱法中则是气体。由于液体的密度和粘度较高，因此要使用泵来给流动相推动压力通过HPLC色谱柱，因此液相色谱的背压通常很高，比如超高压液相色谱。背压太高会对液相系统造成负担，因此适当的控制在合适的压力程度，有助于我们分析测试的正常运行。恒谱生的液相色谱柱、保护柱、在线过滤器等都能做到低背压，死体积小，避免对分析结果造成影响。
分析物的性质
在HPLC上分析的样品通常不耐热，并且在较高温度下会降解，而在GC中，溶质可承受高达400℃的温度，并且具有挥发性。用于HPLC分析的样品通常是液体或溶解在液体中的固体。除液体和溶解的固体外，GC还可以处理气体。GC样品的分子量较低，而HPLC可用于分析涵盖从高分子量聚合物到大型生物分子的一系列样品的高分子量化合物。
色谱柱大小
与气体相比，液体的密度和粘度更高，因此HPLC色谱柱通常较短且较宽。典型尺寸为10或25厘米，φ为0.46。
但是更大的色谱柱也已用于制备规模的应用，比如φ10、20、30的制备液相色谱柱。
恒谱生有各种直径大小的分析、制备液相色谱柱可供选择，柱管由316L不锈钢制成，不锈钢柱内壁多经过抛光，减小管壁效应，提高柱效的同时还能做到平衡时间短，高流速，低背压，缩短分析时间，节约溶剂，降低成本。
另一方面，由于气体密度较小且粘度较低，因此GC中建议使用更长的内径较窄的色谱柱。毛细管柱的长度可以达到几米。
工作温度
由于化合物的热不稳定特性，HPLC操作通常在环境温度下进行，比如操作时将液相色谱柱放入恒温箱中使用。而气相色谱柱操作的环境温度并不苛刻。
工作压力
由于液体具有较高的密度和粘度，因此对于常见的分析分离，需要在5000 – 6000 psi范围内的较高压力。UHPLC系统能够在15,000 – 18,000 psi的范围内运行。GC色谱柱中的载气要求在150 – 200 psi范围内的较低压力即可。